Cuộc chiến 1643

Tháng 2 năm 1643, Chúa Trịnh Tráng sai thái bảo Trịnh Tạc, Trịnh Đệ đem đại quân đánh Nam Bố Chính. Quân Trịnh ồ ạt tiến công giết chết tướng quân Nguyễn là Bùi Công Thắng, chiếm được Nam Bố Chính, tiến lên đóng ở cửa Nhật Lệ.

Tháng 4, chúa Trịnh sai Trịnh Đào đánh lũy Trung Hòa. Quân Nguyễn phòng thủ vững chắc, Trịnh Đào không hạ được lũy. Lại gặp lúc mùa hè, khí hậu oi bức, quân Trịnh bị bệnh nhiều nên chúa Trịnh đành ra lệnh lui quân.[14]

Cuộc chiến 1648

Tháng 2 âm lịch năm 1648, Trịnh Tráng sai Tiến Quận Công Lê Văn Hiểu khởi binh nam tiến lần thứ tư, dẫn bộ binh tiến lên đóng ở đất Nam Bố Chính, còn thủy quân đánh cửa Nhật Lệ. Quân Nguyễn ra chống lại bị bất lợi, Cai đội Trương Triều Lương và Trương Triều Nghị tử trận. Quân Trịnh bèn tiến đánh dinh Quảng Bình.

Chúa Phúc Lan và thế tử Phúc Tần mang quân cứu viện ra Quảng Bình. Chúa Phúc Lan thân đốc đại binh, đóng trại ở xã Trung Chi[15], thủy quân phục sẵn ở sông Cẩm La, sai Nguyễn Hữu Tiến mang 100 con voi đánh úp quân Trịnh lúc nửa đêm, quân bộ tiếp sau vào đánh phá. Quân Trịnh thua lớn, bị thủy quân Nguyễn chặn đánh chạy đến tận sông Lam mới thôi.

Trận ấy quân họ Nguyễn bắt được các tướng Gia, Lý, Mỹ (trong đó Mỹ tự sát) và 3.000 quân của họ Trịnh.[16] Chúa Phúc Lan đã bàn với các tướng về cách xử lý tù binh. Có người đề nghị cho tù binh Trịnh vào vùng núi sâu, hải đảo để đề phòng hậu họa; người khác lại đề xuất giết các tướng hiệu, thả binh sĩ về Đàng Ngoài. Nhưng chúa Phúc Lan không đồng ý, ông nói: "Hiện nay từ miền Thăng (tức phủ Thăng Bình) Điện (tức phủ Điện Bàn) trở vào Nam đều là đất cũ của người Chàm, dân cư thưa thớt, nếu đem chúng an tháp vào đất ấy, cấp cho canh ngưu điền khí chia ra từng bộ từng xóm, tính nhân khẩu cấp cho lương ăn để chúng khai khẩn ruộng hoang, thời trong khoảng mấy năm, thuế má thu được có thể đủ giúp quốc dụng, và sau hai mươi năm, sinh sản ngày nhiều, có thể thêm vào quân số, có gì mà lo về sau!". Chúa thả hơn 60 tướng Trịnh về miền Bắc, rồi cho tù binh vào Nam định cư, lập ấp, mỗi ấp gồm 50 người, đều được cấp lương ăn nửa năm. Chúa còn truyền lệnh các nhà giàu cho họ vay thóc, chỉ cho họ những lợi núi đầm để sinh sống. Theo Đại Nam thực lục: "Từ đó từ Thăng, Điện đến Phú Yên, làng mạc liền nhau, về sau sẽ thành hộ khẩu".[17]

Tháng 3 năm 1648, quân Nguyễn định vượt sông Gianh đánh ra Bắc Bố Chính thì nghe tin chúa Nguyễn ngã bệnh chết trên thuyền trên đường về Thuận Hóa nên phải lui binh.